B. GIAI ĐOẠN 1955 – 1975
1- Năm 1955.
Số chủng sinh trước kia còn lưu lại rất ít, nên đầu năm 1955, Đức Giám Mục Giáo phận Paul Seitz (Phaolô Kim) gởi thư đến các địa phận chung quanh xin chủng sinh. Ngài đặt cha THOMANN (Mẫn) làm giám đốc Chủng Viện Thừa Sai Kontum (1955-1957), cha Phêrô TRẦN THANH CHUNG làm quản lý kiêm dạy học. Ban giáo sư còn có các thầy KHẮC, thầy TRÍ…
Niên khóa 1955-1956, số Chủng sinh là 70, nhưng rất đa dạng, gồm cả 3 Miền : Nam, Bắc, Trung. Chẳng những học lực khác nhau, tâm lý khác nhau vì chênh lệch về tuổi tác, mà thời gian tựu trường cũng không đồng nhất, cứ lai rai trong suốt cả năm. Do đó, niên học này chủ yếu là thời gian xếp đặt, ổn định nơi ăn chốn ở và phân loại chia lớp cũng như bổ túc giáo sư cho thời gian sắp tới.
2- Phát triển.
Niên khóa 1957-1958 : Đức Giám Mục đặt Cha Alexis PHẠM VĂN LỘC làm Bề Trên chủng viện thay Cha THOMANN (Mẫn). Các sư huynh Lasan phụ trách dạy một số môn học tại chủng viện cho chủng sinh. Những niên khoá sau, các chủng sinh những lớp nhỏ ra học tại trường Lasan Kim Phước được xây dựng cạnh chủng viện, nay là “Trường tiểu học thực hành sư phạm Kontum”. Tuy nhiên, vì còn thiếu giáo sư cho các lớp cấp ba và cần ổn định lâu dài hơn, nên số chủng sinh dần dần được gởi tu học tại các Chủng Viện Piô XII của Hà Nội (tại Sài Gòn), Chủng Viện Chân Phước Tự (tại Thủ Đức), Chủng Viện Dòng Phanxicô (Thủ Đức), hay Chủng Viện Dòng Chúa Cứu Thế.
Song song với chương trình Việt, Đức Cha quyết định đào tạo tại chỗ một thế hệ chủng sinh có nền học vấn chắc chắn và có phẩm chất thích hợp hơn : Ngài cho áp dụng chương trình Pháp. Hầu hết các chủng sinh được tuyển chọn theo chương trình Pháp từ đó. Năm 1966, Giám Mục đã thành lập một chi nhánh Chủng Viện Thừa Sai Kontum tại thành phố Đà Lạt và đặt cha Phaolô LÊ QUANG TRINH làm Giám đốc kiêm quản lý, cùng với một số linh mục thừa sai Pháp làm giáo sư. Chi nhánh này gồm 4 lớp lớn, từ lớp Troisième đến lớp Terminale (chương trình Pháp). Các chủng sinh đi học tại trường Collège d’Adran của các Sư Huynh Dòng Lasan. Chủng viện và nhà trường hợp tác với nhau về vấn đề giáo dục. (Một năm sau, Chủng Viện Nha Trang cũng cùng tham gia vào chương trình này). Cũng ngay trong năm 1966 đó, Cha LÊ QUANG TRINH đột ngột qua đời vì tai nạn giao thông. Lập tức, Đức Cha cho linh mục Phêrô TRẦN THANH CHUNG lên thay thế và điều hành chủng viện cho đến năm 1974, kế đến là cha Giuse BÙI ĐỨC VƯỢNG làm giám đốc và cha Phêrô NGUYỄN VÂN ĐÔNG làm quản lý. Vì thời cuộc, chi nhánh tại Đà Lạt này chỉ tồn tại cho đến năm 1975 mà thôi.
Trở lại Chủng viện tại Kontum, năm 1969, Cha Alexis PHẠM VĂN LỘC thôi làm Giám đốc để đi tu nghiệp bên Pháp. Cha Giuse ĐOÀN ĐỨC THIỆP lên thay. Sau Mùa hè Đỏ lửa năm 1972 vì chiến tranh, Đức Cha PAUL SEITZ (Kim) cho di tản chủng viện lên Đà Lạt, vì mượn được Học Viện Dòng Chúa Cứu Thế đang để không. Tại đây, Cha Giuse THIỆP tiếp tục điều hành các lớp nhỏ (các lớp đệ nhất cấp chương trình Pháp) và trường cũng đóng cửa vì biến cố 1975.