Số anh em lương dân nhập cư vào địa bàn Tây Nguyên, trong đó tại Giáo phận Kontum, đột ngột lên cao theo những trục lộ, tạo nên thế mất quân bình nhiều mặt. Đây là những vấn đề được Giám mục luôn suy nghĩ và tìm phương thức giải quyết. Với tinh thần của một "Hội Thừa sai Bản xứ" đã được định hình từ thời Đức Cha Jannin, Giám mục tiên khởi của Giáo phận, Đức Cha Micae mời gọi các linh mục, tu sĩ nam nữ từ các nơi đến làm vườn nho giáo phận. Với ý chí và tầm nhìn loan báo Tin Mừng, ngài đã phần nào trãi rộng số linh mục và các hội dòng vào những nơi xung yếu khắp giáo phận. Lúc đầu gặp nhiều khó khăn về hộ khẩu, cơ sở, chưa quen phong thổ … bị chèn ép bên ngoài. Nhưng với tinh thần mục tử với linh đạo truyền giáo và chứng nhân, các linh mục, tu sĩ dần dần tạm ổn, dù nay vẫn còn gặp chông gai, nhiêu khê và thập giá.
2– Hướng đào tạo chủng sinh:
Việc đào tạo chủng sinh cho giáo phận vẫn là con đừơng dài và đầy thử thách, gian khổ tiếp nối gian khổ.
+ Mối tương giao với thế giới mang tính cách đa diện, nhất là giao tiếp với thế giới bằng Anh ngữ ngày càng bao quát trong nhiều phạm vi: kinh tế, xã hội, văn hoá, tôn giáo... Mặt khác, việc đào tạo linh mục phục vụ người nghèo, hiện diện và làm mục vụ trong nếp văn hoá vùng Tây Nguyên với những đòi hỏi thích hợp với cuộc sống cụ thể của dân sinh. Vì vậy việc đào tạo và chuẩn bị cho linh mục tương lai cũng cần đặt lại một số khía cạnh vừa lâu dài vừa thực tiễn: không nhất thiết phải theo đại học chuyên ngành Pháp ngữ, miễn sao thông thạo một sinh ngữ khả dĩ tiếp xúc, nghiên cứu sách vở… hoặc theo các chuyên ngành hữu ích, thích hợp để phục vụ thiết thực nhu cầu Tây Nguyên, cần thông thạo tiếng dân tộc, có tinh thần truyền giáo cao, thông hiểu lịch sử truyền giáo của các Vị đi trước, hầu học kinh nghiệm quá khứ, gắn bó với giáo phận, trao luyện cuộc sống giản dị, nghèo với người nghèo…
+ Vấn đề đào tạo linh mục người bản địa: Nhờ những bài học đầy thuyết phục trong quá khứ, việc đào tạo linh mục người dân tộc cần kiên trì và theo cấp độ tiệm tiến thích hợp nhiều khía cạnh. Trường Yao Phu cũng có liên hệ mật thiết với chủng viện.
Thật thế, giai đoạn khởi đầu công cuộc truyền giáo, Đức Thánh Giám mục Cuénot Thể đã chuyển 40 chủng sinh lên vùng Tây Nguyên, và cho cất hai dãy nhà dài để đào tạo linh mục tại Trung Tâm Truyền giáo Rơhai (nay là khu vực nhà xứ Tân Hương), nhưng không đạt được kết quả như mong muốn. Có thể nói chương trình đào tạo này thất bại là do bệnh tật và nhiều lý do khác. Năm 1904, hai dãy toà nhà nầy được chuyển về cơ sở xây dựng Trường Yao Phu Cuénot và xem đây như một nơi chẳng những đào tạo giáo lý viên người dân tộc mà còn nhằm đào tạo những con người ưu tú kinh cũng như dân tộc để sau đó gởi đi đào tạo linh mục tại Chủng viện Làng Sông hay Đại chủng viện Đại An, hoặc Pinăng.
+ Năm 2006, Cha Lui Gonzaga Nguyễn Hùng Vị đi du học. Đức Cha Micae trao trách nhiệm cho cha TÔMA NGUYỄN VĂN THƯỢNG, Chánh xứ Thánh Tâm và nay Chánh xứ Đức An, phụ trách chủng sinh Thừa Sai Kontum.
3– Cơ sở đào tạo:
Một mặt vẫn duy trì việc học tại Thành Phố với những môn cần thiết, mặt khác, cơ sở đào tạo chủng sinh tại giáo xứ Đức An, thành phố Pleiku, nhằm mục đích đáp ứng nhu cầu đào tạo ứng sinh dân tộc và người kinh trước tình hình ngày càng giảm thiểu. Chương trình đào tạo này đang còn manh nha trong hướng đi và thực tiễn đòi hỏi nhiều công sức và lời cầu nguyện.
4– Thực trạng số lượng chiêu sinh.
Số lượng ứng sinh vào chủng viện thay đổi tùy hoàn cảnh xã hội trong địa bàn giáo phận. Đây là một thực trạng đáng lo. Cách chiêu sinh dễ dàng, số lượng tăng, không phải là một giải pháp tốt. Ơn gọi sa sút vì tình trạng mất quân bình trong xã hội ảnh hưởng đến lòng đạo của gia đình. Chính vì vậy, điều quan trọng chẳng những cần tài chánh để huấn luyện linh mục tương lai, nhưng cấp bách và thiết yếu là canh tân đời sống đạo trong gia đình. Đây là công việc của toàn thể dân Thiên Chúa trong giáo phận. Ray rứt trước thực trạng này, Đức Giám mục tái lập “GIA ĐÌNH PHANXICÔ XAVIE VÀ THÀNH LẬP GIA ĐÌNH ƠN GỌI” tại các giáo xứ, không những theo truyền thống HỘI THÁNH PHANXICÔ, nhằmtài trợ cho công việc đào tạo linh mục, mà còn nhắm đến việc XÂY DỰNG GIA ĐÌNH THẬT SỰ LÀ VƯỜN ƯƠM ƠN GỌI. Mới khởi đầu, cần Ơn Chúa với ý thức của mọi tín hữu và được các cha trong giáo phận cổ võ thật sự.
5– Những khó khăn:
Khó khăn trong giai đoạn này tiếp nối những khó khăn từ giai đoạn vừa qua: khó khăn là hộ khẩu thường trú của các đại chủng sinh. Ngay cả khi thụ phong linh mục rồi, một số tân chức còn lấn cấn công tác mục vụ vì Chính Quyền địa phương không chấp nhận cho thường trú, nại ra nhiều lý do.
BAN PHỤ TRÁCH CHỦNG SINH KONTUM
Từ năm 1992-1995:
Cha Giuse Đỗ Viết Đại: Phụ trách chung, huấn đức;
Cha Louis Gonzaga Nguyễn Hùng Vị: Phụ trách điều hành, dạy Pháp văn;
Cha Phaolô Đậu Văn Hồng : dạy Pháp văn (1993-1994);
Thầy Giuse Trần Văn Bảy : quản lý, dạy Pháp văn;
Thầy Phanxicô Xavie Lê Tiên : dạy Pháp văn;
Thầy Gioan Nguyễn Đức Trường : dạy Pháp văn;
Thầy Vinh Sơn Nguyễn Ngọc Quyền : dạy nhạc lý;
Anh Phaolô Nguyễn Quốc Bảo (Hạnh): dạy Pháp văn;
Anh Phêrô Nguyễn Anh Võ : dạy Pháp văn;
Anh Đaminh Nguyễn Tiến Trung : dạy Pháp văn (1992-1996).
Từ năm 1995-2006:
Cha Lui Gonzaga Nguyễn Hùng Vị : giám đốc, dạy Pháp văn và Latinh;
Cha GB. Trần Quang Truyền: linh hướng (1995-2003);
Cha Antôn Nguyễn Cao Siêu (SJ): linh hướng (2004-2005)
Cha Giuse Bùi Đức Vượng : linh hướng (2006-2009);
Thầy Giuse Trần Văn Bảy : quản lý (1992-2001)
Cha Đaminh Nguyễn Tiến Trung : dạy Pháp văn, nhân bản, nhạc lý và quản lý (2001 - 2008)
Anh Gioan Baotixita Nguyễn Xuân Hà : dạy Anh văn,
Anh Phaolô Nguyễn Quốc Bảo (Hạnh) : dạy Anh văn,
Anh Phêrô Nguyễn Anh Võ : dạy Pháp văn,
Chị Têrêxa Bùi Thị Nguyệt : dạy Pháp văn,
* Mỗi năm có thuê thầy ôn toán cho lớp dự bị.
· Tuyển sinh :
Cha Lui Gonzaga Nguyễn Quang Vinh (1992)
Cha Phaolô Đậu Văn Hồng (1993)
Cha Phanxicô Xavie Lê Tiên.
Từ năm 2006-2010:
Cha Tôma Nguyễn Văn Thượng : giám đốc,
Cha Đaminh Nguyễn Tiến Trung : quản lý, dạy Pháp văn, nhạc lý, nhân bản,
Cha Phanxicô Xavie Trần Anh Duy : phụ tá, dạy Pháp văn (2007-2008), dạy Latinh và quản lý (2008).
Cha Giuse Lê Văn Thắng : Phụ tá (2007- )
Thầy Gioan B. Nguyễn Minh Đức, phụ tá (2009-2010),
Thầy Phêrô Lê Văn Hùng : phụ tá (2009-2010),
Thầy Bảy đi Pháp chuyển Cha Trung quản lý (năm 2001-2008).
Thầy Lui Nguyễn Quang Hoa: phụ tá (2010 - )