Năm 1231: Giáo Hoàng Gregory IX đã dùng thẩm quyền thiết lập Tòa Thẩm Tra của Giáo Hoàng để đối phó với những người lạc giáo. Đó là một sự hoang dại của thời đó, khi mà tội phạm về niềm tin và các học thuyết lạc giáo của những kẻ quá khích như nhóm Cathari và Albigenses đã đe dọa sự tốt đẹp của cộng đồng Ki-tô giáo, phúc lợi nhà nước và ngay cả kiến trúc của xã hội. Thể chế đó, đã chịu trách nhiệm cho những quá đáng trong việc trừng phạt, đã hoạt động tích cực nhất vào nửa sau của thế kỷ đó ở miền nam nước Pháp, Ý và Đức. Năm 1245: Hội nghị Giáo Đoàn ở Lyons (I), Pháp. Hội nghị này xác nhận sự phế truất Hoàng Đế Frederick II và xác thực 22 mục thánh luật. Năm 1247: Tòa Thánh xác thực sơ bộ quy tắc đời sống của dòng tu núi Carmel. Năm 1270: Thánh Louis IX, vua Pháp, qua đời.
Bắt đầu sự suy thoái của chế độ giáo hoàng. Năm 1274: Hội nghị Giáo Đoàn Lyons (II). Hoàn thành sự tái hợp tạm thời của Giáo Hội ly khai Đông Phương và Giáo Hội La Mã; ban hành các sự điều chỉnh liên quan đến cuộc họp kín để bầu giáo hoàng; xác thực 31 giáo luật.
Thánh Thomas Aquinas, Tiến sĩ Hội Thánh, có tầm ảnh hưởng lâu dài đã qua đời Năm 1280: Giáo Hoàng Nicholas III, người viết sách lễ nghi Breviary, sách cầu nguyện chính thức cho các tu sĩ Giáo Hội La Mã, đã qua đời. Năm 1281: Hoàng đế Nicaea và cũng là Hoàng Đế của Đế Chế Byzantine là Michael Palaeologus đã bị Đức Giáo Hoàng Martin IV cắt phép thông công làm gián đoạn sự hợp nhất với Giáo Hội Đông Phương từ năm 1274. Năm 1302: Giáo Hoàng Boniface VIII ban hành sắc lệnh Unam Sanctam, liên quan đến sự thống nhất của Giáo Hội và quyền lực thế tục của các thủ lĩnh, dựa vào tình hình tranh đấu với vua Pháp là Philip IV; đó là văn bản nổi tiếng nhất thời Trung Cổ về đề tài này. Năm 1309-1377: Trong một khoảng thời gian khoảng 70 năm, 7 giáo hoàng đã cư trú ở Avignon vì tình hình bất ổn ở Rô-ma và các lý do khác. Năm 1311-1312: Hội nghị Giáo Đoàn ở Vienne, bãi bỏ các hiệp sĩ dòng đền (Knights Templar) và ban hành một số sắc lệnh cải cách.
Năm 1321: Dante Alighieri chết sau khi hoàn tất thiên sử thi Divine Comedy được 1 năm. Năm 1324: Marsilius người Padua hoàn thành tác phẩm Defensor Pacis, một tác phẩm bị lên án bởi Giáo Hoàng John XXII vì nó phản đối vị thế giáo hoàng và cơ cấu kiến trúc của Giáo Hội, và do các nguyên nhân khác. Nó là một hiến chương cho hội đồng giám mục conciliarism (một hội nghị giáo đoàn có thẩm quyền cao hơn giáo hoàng) Năm 1337-1453: Thời kỳ của Chiến Tranh 100 Năm, một sự đấu tranh về triều đại giữa Anh và Pháp. Năm 1338: Bốn năm sau cái chết của Giáo Hoàng John XXII, người đã phản đối vua Louis IV người Bavaria trong một năm dài tranh cãi, các thủ lĩnh tuyển cử công bố tại nghị viện Rhense rằng hoàng đế không cần sự xác nhận của giáo hoàng về tước hiệu và quyền cai trị. Vua Charles IV sau này (vào năm 1356) cũng nói cùng một ý như vậy trong một sắc lệnh Golden Bull, loại trừ các quyền của giáo hoàng trong việc bầu chọn hoàng đế.