Việc thầy bị bắt bà Mattha Sơ người làng Kẻ Vạc kể lại rằng: Ngày 19 tháng 4 năm 1836 thầy được sai đi tới làng Kẻ Chuông để hỏi ông trùm tại đây có sẵn sàng mời cha về làm phúc cho giáo dân không. Khi biết được cả họ đạo sẵn sàng, thầy Cần theo lệnh Đức Cha tới xứ Kẻ Vạc để xin cha Tuấn đến làm phúc cho Họ Kẻ Chuông. Khi đến Kẻ Vạc giữa lúc quan quân đang vây bắt cha Tuấn, cha Tuấn đã trốn thoát. Không bắt được cha Tuấn, ông cai tổng Hào là người chỉ huy cuộc vây bắt này ấm ức, gặp thấy thầy Phanxicô Nguyễn Cần lạ mặt thì chặn lại hỏi:
- Anh đi đâu mà không trình giấy? - Tôi đi qua đường - Anh có quen biết ai ở đây không? - Tôi quen ông Lý Quang.
Ông ra lệnh bắt và đánh thầy Cần sáu bảy roi và bắt Thầy phải nhận các đồ đạo là của Thầy. Nói tới Lý Quang là ông cai tổng lại càng nổi ghét vì ông Lý Quang là người Công giáo đã xin với quan đầu tỉnh miễn cho những ngưòi Công giáo không phải đóng một số thuế cho việc cúng tế dị đoan. Do đó cai tổng Hào vẫn để lòng thù hận ông Lý Quang. Bắt được thầy Nguyễn Cần rồi, ông còn cho vây bắt luôn ông Lý Quang rồi giải về nộp cho quan huyện Thanh Oai.
Quan huyện Thanh Oai cho tống giam vào ngục. Hai ngày sau quan gọi thầy Cần ra tra tấn rất ác độc. Ba cuộc tra tấn liên tiếp, cứ cách một ngày lại tra tấn một lần. Mỗi lần tra tấn xong quan lại hỏi:
- Anh tên là gì, tại sao anh bị bắt.
Thầy Phanxicô Nguyễn Cần thẳng thắn trả lời:
- Tôi tên là Cần hay Nguyễn Tiến Truật cũng là tên tôi. Quan hỏi tại sao bị bắt thì tôi xin thưa : Khi tôi ở đồng vắng vàođến làng, chưa tới nhà ông Lý Quang thì đã bị bắt, còn đồ đạo thì chính ông cai tổng Hào đã bỏ vào túi của tôi và bắt tôi phải nhận.
Riêng cai tổng Hào thì nhất định khai gian là bắt được thầy Cần và đồ đạo của thầy Cần ở nhà ông Lý Quang. Nghe cai tổng Hào xác quyết, quan huyện Thanh Oai lại ra lệnh đánh thầy Nguyễn Cần thêm 60 roi, bắn cả máu ướt quần ướt áo. Đánh xong quan lại khuyên dụ thầy bỏ đạo thì được tha để về sống với mẹ già.