Nghe thầy nói, quan huyện nổi giận ra lệnh căng thân thể thầy ra dưới đất và đánh đủ 50 roi nát da nát thịt. Đánh 50 roi rồi quan lại truyền cho lính khiêng thầy qua ảnh.
Thầy co chân lại và la lớn:
- Không bao giờ tôi đồng ý, chiều theo các ông.
Quan giận dữ nói:
- Ta đã làm hết sức để chạy tội cho ngươi mà ngươi vẫn không chịu. Ngươi quả là một tên Lì!
Sau lần thuyết phục vẫn bị thất bại này, quan cho lệnh đưa về nhà giam. Nhà giam tại huyện rất đồi tệ, hôi hám, bẩn thỉu, bị giam chung với những tên trộm cướp, ăn nói tục tằn. Thầy Cần vừa khổ vì đau đớn thể xác, vừa phải chịu những lời phỉ báng, riếc mắng. Có mấy người lương ở làng Sơn Miêng có mặt cũng lên mặt dạy đời:
- Nếu vua có bắt chùng tôi đạp trên đầu các tượng Phật, các su sãi, chúng tôi sẽ làm ngay. Còn anh này chẳng có lý do gì mà phải sợ hãi không bước lên tượng ảnh bằng gỗ. Này anh Cần, anh cứ bước qua rồi về, nếu có tội thì đi xưng tội.
Mấy người Công giáo kém đức tin cũng khuyên thầy bước qua Thánh Giá. Có người lại nói dối thầy là cố Liêu nhắn tin nói là thầy cứ bước lên Thánh Giá, về ngài sẽ tha cho.
Thầy Cần sáng suốt trả lời:
- Tôi không tin là cố Liêu nòi như thế. Mà giả như cố Liêu có nói thật như vậy thì tôi cũng không nghe. Thiên Thần có hiện đến nói với tôi như vậy thì tôi cũng không nghe Thiên Thần. Tôi sẽ không bước lên Thánh Giá Chúa tôi.
Có lần thầy viết thư cho cha cố Liêu như sau:
- “Con xin báo để cha an tâm. Ở đâu con cũng được mọi người thương mến, dù quan hay dân và các bạn tù đều kính trọng gọi con là Thầy, có người còn tặng con danh hiệu khác nữa. Hầu hềt họ cảm thương con bị đau khổ, hoặc khen con vững chí. Con hay bàn luận với họ và biết nhiều mê tín của họ, nhưng chưa biết phải khuyên bảo họ như thế nào bây giờ. Có một ông chánh tổng cũng bị giam ở đây, hứa với con là khi ra khỏi nhà tù sẽ theo đạo và sống theo những điều con giảng. Thưa cha, con thấy người đời sẵn sàng chịu nhiều khổ sở để được giầu sang hoặc danh vọng chóng qua, lẽ nào con không nhẫn nại, chịu những sự khổ đau mau chóng qua này để được vinh quanh Chúa và cho con hạnh phúc muôn đời. Xin cha cầu nguyện cho con vững chí tới cùng.